Название села и основного русла Волги южнее Астрахани, происхождение ирано – тюркское «богатый – твердый». «Учуг» и «Ватага» (речная запруда – перегородка и поселение) известны здесь с конца XVII века. Вольные «сходцы» селились здесь и в течение XVIII века и создали свое село. Но в конце XVIII века все земли по р. Бахтемир с населением были переданы во владение графам Н.Ф. и А.Н. Зубовым, пользовавшимся особой поддержкой Екатерины II.

В 1918 г. в селах Икрянинской волости были проведены выборы комитетов бедняков. Председателем комитета с.Бахтемир был Ампилов Алексей Ипатович. Жители Бахтемира зарабатывали на жизнь рыбной ловлей, выращиванием овощей.

Бахтемирский сельсовет образован в составе Икрянинской волости Астраханского уезда в 1921 г. Икрянинского района - июль 1925 г., Трусовского района – 1927 г., Икрянинского района – 1928 г. Муниципальное образование «Бахтемирский сельсовет» зарегистрировано управлением юстиции Астраханской области 27 ноября 1996 г. Административным центром МО является с.Бахтемир.